Schemat organizacyjny jednostek administracji Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego przedstawia się następująco:

Rektorowi podporządkowane są bezpośrednio:

• Biuro Rektora, w którego skład wchodzą:
  • Sekretariaty Rektora i Prorektorów,
    • Sekretariat Rektora,
    • Sekretariat Prorektora ds. Dydaktyczno-Wychowawczych oraz Prorektora ds. Kadr,
    • Sekretariat Prorektora ds. Nauki i Współpracy z Zagranicą oraz Prorektora ds. Klinicznych, Inwestycji i Współpracy z Regionem,
  • Rzecznik Prasowy » strona WWW
• Biuro Audytu Wewnętrznego » strona WWW
• Pełnomocnik Ochrony Informacji Niejawnej,
• Samodzielne Stanowisko ds. Obronnych,
• Pełnomocnik Rektora – Rzecznik Rzetelności Naukowej,
• Pełnomocnik Rektora ds. Osób Niepełnosprawnych,
• Komisja Bioetyczna » strona WWW
• Biuro Konsorcjum CEPT » strona WWW

Dziekanom podporządkowane są bezpośrednio:

• Dziekanat I Wydziału Lekarskiego z Oddziałem Stomatologicznym,
• Dziekanat II Wydziału Lekarskiego z Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim oraz Oddziałem Fizjoterapii,
• Dziekanat Wydziału Farmaceutycznego z Oddziałem Medycyny Laboratoryjnej,
• Dziekanat Wydziału Nauki o Zdrowiu,
• Dziekanat Centrum Kształcenia Podyplomowego,
• Sekretariaty Katedr, Klinik i Zakładów.

Kanclerzowi podporządkowane są bezpośrednio:

• Pion Głównego Energetyka
• Biuro Zarządzania Jakością i Oceny Kształcenia » strona WWW
• Biuro Prawne,
• Biuro Organizacyjne
• Kancelaria WUM z:
  • Archiwum » strona WWW
  • Kancelarią Rektorat,
  • Kancelarią Lindleya,
• Dział Personalny z:
  • Sekcją Personalną Nauczycieli Akademickich,
  • Sekcją Personalną Pracowników Niebędących Nauczycielami Akademickimi.
• Dział Informatyki » strona WWW z:
  • Sekcją Wsparcia Użytkowników,
  • Sekcją Utrzymania Infrastruktury Informatycznej,
  • Sekcją Rozwoju Systemów Informatycznych,
  • Sekcją Instalacji Niskoprądowych,
• Sekretariat Kanclerza i Zastępców Kanclerza,
• Biuro ds. Szpitali i Bazy Klinicznej,
• Biuro Informacji i Promocji » strona WWW
• Dział Fotomedyczny,
• Oficyna Wydawnicza » strona WWW
• Biuro Karier » strona WWW
• Chór Akademicki » strona WWW

Zastępcy Kanclerza podporządkowuje się bezpośrednio:

• Biuro Obsługi Działalności Podstawowej » strona WWW z:
  • Sekcją Nauczania,
  • Sekcją Rekrutacji i Organizacji Nauczania.
• Dział Obsługi Studentów » strona WWW z:
  • Sekretariatem Organizacji Studenckich
• Biuro Projektów » strona www
• Dział Nauki » strona WWW
• Dział Współpracy z Zagranicą » strona WWW
• Dział Logistyki z Sekcją Gospodarki Magazynowej » strona WWW
• Dział Zamówień Publicznych.

Zastępcy Kanclerza ds. Eksploatacji podporządkowuje się bezpośrednio:

• Biuro Eksploatacji w skład którego wchodzi:
  • Dział Eksploatacji Kampus Banacha i Bazy Pozostałej z:
    • Sekcją Rektorat i Centrum Dydaktyczne,
    • Sekcją Farmacja i CePT,
    • Sekcją pozostałe obiekty Banacha i Pozostałe obiekty.
    • Zespołem gospodarczym
  • Dział Eksploatacji – Kampus Lindleya z:
    • Samodzielną Sekcją Centrum Biostruktury,
  • Dom Studenta Nr 1,
  • Dom Studenta Nr 2 i 2BIS,
• Dział Ochrony Pracy i Środowiska » strona WWW
• Dział Inwentaryzacji ze:
  • Stanowiskiem ds. Kontroli Majątku.

Zastępcy Kanclerza ds. Inwestycji podporządkowane są bezpośrednio:

• Biuro Inwestycji,
• Dział Aparatury i Urządzeń Technicznych » strona WWW

Kwestorowi (» strona WWW KWESTURY) podlegają bezpośrednio:

• Zastępca Kwestora ds. Księgowości, któremu podporządkowane są:
  • Dział Księgowości,
  • Dział Ewidencji Kosztów i Gospodarki Materiałowej.
• Zastępca Kwestora ds. Finansowych, któremu podporządkowany jest:
  • Dział Finansowy,
• Dział Kontroli i Analiz Kosztów.